Erste Nachweise einer Besiedelung im Gebiet um Micheldorf bestehen aus der Zeit um 400 v. Chr. als die Kelten hier zu siedeln begannen. Ab ca. 113 v. Chr. gehörte Micheldorf zum Königreich Noricum, dessen Zentrum sich am Magdalensberg befand. Die Hauptstadt war Noreia. Sie lag wahrscheinlich zwischen Neumarkt und St. Veit, also nicht weit von Micheldorf entfernt.

Um 15 v. Chr. wurde Kärnten von den Römern besetzt. Eine bedeutende Römerstraße führte von Treibach ins Murtal. Diese Straße war fast gleichlaufend wie die heutige Murtalstraße. Die Römer herrschten hier bis ins 4. Jhdt. n. Chr. Sie zogen sich dann zurück und überließen Kärnten (Noricum) sich selbst.

Um ca. 500 n. Chr., also zu Beginn des Mittelalters, kamen die Slawen nach Kärnten. Sie waren auf der Flucht vor den Awaren. Sie gründeten ein neues Zentrum in Karnburg in der Nähe von Klagenfurt.

Ende des 6. Jhdts. fielen die Awaren ein, plünderten und unterdrückten die Menschen. Viele Ortsnamen stammen aus dieser Zeit: Gulitzen, Grafendorf, Olsa, Grebenze, Friesach, Zeltschach usw. Die Bayern kamen den Slawen zu Hilfe. Am Ende herrschten nun die Bayern und machten die Slawen hier abhängig. Die Bayern gründeten die Siedlungen Hirt, Micheldorf und Schödendorf.

Im Jahre 860 wurde der königliche Hof Friesach an die Salzburger verschenkt.

In den folgenden 900 Jahren war Friesach der wichtigste Stützpunkt. Ungefähr zur selben Zeit dürfte auch die Kirche am Lorenzenberg errichtet worden sein.

Am 29.09.1074 wird der Ort Micheldorf erstmals im Verzeichnis von Erzbischof Gebhart von Salzburg genannt.

Alte römische Wegkarten zeigen jedoch, dass es eine Ansiedlung auf dem Gemeindegebiet von Micheldorf schon viel früher gab.

Mitte des 15. Jhdts. fielen in Kärnten mehrmals die Türken ein. Die Kirche am Lorenzenberg wurde von der Bevölkerung befestigt und bot ihnen so Schutz.

Im April 1797 kamen die Franzosen, eroberten Micheldorf, entweihten und plünderten die Kirche.

In den 60er Jahren des 19. Jhdts. kam es zum Bau der "Kronprinz-Rudolf-Bahn" von St. Michael in der Steiermark nach Villach. Die Bahn war 1868 fertig.

Der 1. und 2. Weltkrieg war auch für Micheldorf eine schlimme Zeit. Fliegerbomben zerstörten Teile der Gemeinde, wie etwa im Bahnhofsbereich Hirt. Nach dem Ende des 2. Weltkrieges besetzten die Engländer die Gemeinde.

In den 60er Jahren wurden die Gemeindestraßen asphaltiert, Gehsteige errichtet, eine Ortsbeleuchtung installiert und das Freibad eröffnet.

1973 kam Micheldorf zu Friesach.

Seit 1992 ist Micheldorf aber wieder eine eigenständige Gemeinde.